El libertador Simón Bolívar atendió el clamor de los arequipeños y desde Puno -el 6 de agosto de 1825- expidió un decreto para crear un colegio de ciencias y artes y una universidad.
Con ese propósito el prefecto de Arequipa, general Antonio Gutiérrez de la Fuente escogió los claustros del convento de San Agustín como el local para que funcionen los centros de instrucción, los religiosos agustinos se opusieron, pero por decreto del 2 de junio de 1827, se aprobó la supresión de los claustros y la fundación de ambos proyectos bajo el nombre de Gran Padre San Agustín.
La instalación de la universidad no se realizó hasta el siguiente año ya que las personas designadas por el prefecto para redactar sus constituciones no cumplían su labor, por este motivo, el general Gutiérrez de la Fuente comisionó a Juan Gualberto Valdivia y a Manuel Fernández de Córdova y lograron la tan anhelada instalación el 11 de noviembre de 1828. Este acontecimiento tuvo lugar poco antes del cese de Gutiérrez de la Fuente en la Prefectura.
La ceremonia de instalación se inició con una misa celebrada por Fernández de Córdova y se dio posesión de cargos al rector José Fernández Dávila y Cárdenas, a los catedráticos fueron los mismos que el colegio Independencia Americana y como secretario estuvo Juan Gualberto Valdivia, asimismo se otorgó los primeros grados en teología, leyes, medicina y cirugía. Actualmente, la Unsa cuenta con 18 facultades, 92 segundas especializaciones, 75 maestrías y 20 doctorados en las áreas de ingeniería, ciencias sociales y biomédicas.
La universidad entró en funciones, pero no tuvo el reconocimiento oficial del gobierno hasta el 6 de mayo de 1835 por el presidente provisorio del Perú, Luis José de Orbegoso, quien estuvo en Arequipa. Sin embargo no es hasta 1866 en que se le impartió el carácter docente. Hasta entonces era el Colegio Independencia Americana el que suministraba la instrucción superior.
ETAPAS. La historia de la universidad en el primer siglo de su existencia puede dividirse en dos etapas. El primero fue hasta el año de 1866 en que se impartió el carácter docente. El colegio era, el que suministraba la instrucción superior y conferir los grados.
En aquella época hubo un rector que quiso dar vida más activa y provechosa a la universidad. Arregló el local, implantó mejoras, estableció disertaciones mensuales, este fue Pedro José Gamio y Masías.
En su segunda época la universidad ha tenido la función docente aunque enfocada. por el reglamento general del 76, a la formación de abogados.
La han regido distinguidos magistrados y hombres de letras como Jorge Polar Vargas quien consiguió su autonomía pedagógica, financiera y administrativa.
EL PRIMER RECTOR. Fue José Fernández Dávila y Cárdenas entre 1838 y 1839. Nació en Arequipa el 8 de setiembre de 1779. Fue hijo del moqueguano Julián Fernández Dávila y de María J. Cárdenas. Estudió en el seminario de San Jerónimo alcanzado el doctorado en derecho. En 1821 fue uno de los fundadores de la Academia Lauretana de Ciencias y Artes. Fue redactor del primer periódico de Arequipa, “La primavera de Arequipa”. Además fue diputado por Arequipa y vicepresidente del Congreso reunido en Huancayo el año de 1839.
Luego le siguieron los rectores: Juan Gualberto Valdivia, Fernando Arce Fierro, Manuel Toribio Ureta, Nicanor Porcel, Carlos Rubén Polar, Mariano Ambrosio Cateriano, Jorge Polar Vargas, Antonio Belisario Calle, Edmundo Escomel, Francisco Gómez de la Torre, Carlos D. Gibson y Manuel Zevallos Vera.
GUERRA CON CHILE. Al enterarse de que Chile le declaró la guerra al Perú, inmediatamente profesores y alumnos se pusieron a disposición y conformaron la “Columna Universitaria”, los catedráticos donaron la cuarta parte de su sueldo para la compra de armamento.
El profesor Emilio Luis Gómez de la Torre se enroló al batallón Piérola y fundó el “Boletín del Ejercito del Sur”, publicación que salía bisemanalmente.
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