Fue un 25 de marzo de 1915, cuando un grupo de jóvenes aficionados al fútbol en la Ciudad Blanca decidieron la creación de un equipo en homenaje al héroe Mariano Melgar Valdiviezo. Reunidos en el antiguo parque Bolognesi, hoy parque Duhamel, acordaron que el nuevo club se llamaría Juventud Melgar.
En los primeros años del siglo XX, el equipo participó en los primeros torneos de fútbol de Arequipa. Primero en el histórico canchón de Santa Marta y luego en el estadio Melgar del barrio de IV Centenario.
En 1966, el FBC MElgar es invitado al primer torneo Descentralizado del fútbol peruano pero retornó a su liga de origen al año siguiente. En 1971, con nombres ilustres como Luis Ponce Arroé, Eduardo "Patato" Márquez, entre otros, logra el ascenso al profesionalismo mediante la Copa Perú. De ahí no se movió más.
Diez años después, con gol de Genaro Neyra Llamosas, el equipo Dominó escribió una de sus páginas más gloriosas. Se coronó campeón del fútbol peruano ante Sporting Cristal en Lima.
Tuvieron que pasar 34 años para que el FBC Melgar vuelva a lo más alto del fútbol peruano. El tanto anotado por Bernardo Cuesta le dio su segundo título nacional y el primero ante su gente, en el estadio Monumental de la UNSA.
En los últimos años, el elenco rojinegro se consolidó como uno de los referentes peruanos a nivel internacional. El 2022 llegó hasta semifinales de la Copa Sudamericana dejando en claro que ya es un grande del fútbol peruano en lo deportivo y en lo institucional. Felix cumpleaños al patrimonio histórico de Arequipa.
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